元气骑士中的武器可以进行融合操作，这是游戏中提升战力、获取强力装备的核心玩法之一，玩家可通过特定武器组合在地牢内触发融合，也能借助特殊房间的融合熔炉实现随机合成，两种方式均能产出属性更强、效果更独特的高阶武器。
常规武器融合需在地牢场景中进行，操作时需手持一把符合融合条件的武器，将另一把对应武器放置于地面，满足组合要求后界面会出现融合按钮，点击即可完成合成，多武器融合则需手持两把对应武器、地面放置一把，遵循主手优先、忽略副手的规则，不同主手选择会影响最终合成结果，例如冰霜之鹰与火焰之鹰可合成冰与火之鹰，两把不同鹰类武器搭配樱花霰弹枪能合成嘤嘤鹰，三色光剑组合可合成光剑土豪金，火焰弓、冰霜弓与珺之弓融合则能得到群星之弓，各类武器均有固定融合公式，组合正确即可触发合成。
除固定公式融合外，地牢特殊房间中会随机出现融合熔炉，投入两把武器并消耗金币就能进行随机融合，熔炉产出武器品质遵循规则，两把同品质武器融合会提升一级品质，不同品质则以高者为准，最高可产出红色品质武器，该方式无需固定组合，适合快速获取未知强力装备，不过无法产出传说武器，且每次融合价格固定，可多次投入武器持续合成。
融合武器的实战价值极高，合成后的装备往往兼具基础武器的优势并新增特殊效果，比如雷剑融合冰剑与火剑后，攻击附带冰冻与灼烧双重效果，雪狐玫瑰金结合雪狐土豪金的射速与樱花霰弹枪的范围伤害，次时代冲锋枪系列可层层进阶，从基础款逐步合成至高阶版本，伤害与攻速持续提升，弓弩类融合产物则多具备追踪、范围伤害等特性，适配不同角色与战斗场景，是通关高难度关卡的关键助力。
进行武器融合时需注意细节，骑士之家场景无法触发常规融合，仅能在地牢内操作，融合前建议卸下武器原有配件，避免资源浪费，同时牢记核心融合公式，优先合成适配自身玩法的武器，合理利用融合熔炉的随机合成机制，能大幅丰富装备选择，提升地牢探索的通关效率。
